「Cell Research」北大湯富酬團隊:一種長讀單細胞ATAC測序方法,同步檢測染色質可及性和遺傳變異
目前,對單個細胞內開放染色質區域進行檢測的一種成熟方法是:透過下一代測序(NGS)平臺,使用測序技術對轉座酶可及性染色質(transposase-accessible chromatin)進行單細胞測定(即scATAC-seq)
2023-01-08seqscNanoATAC測序scATAC染色質
上海交大觀測到染色質噴射現象,促進對3D基因組構建機制的理解
郭亞正在進行的第二個工作,是繪製全基因組黏連蛋白上載和解除安裝位點圖譜,即透過質譜等高通量蛋白質組技術,去鑑定黏連蛋白相關互作蛋白譜,從而研究轉錄等與黏連蛋白介導 DNA 環擠出的關係,並採用人工智慧等生物資訊學技術,去研究表觀遺傳修飾等與
「技術前沿」單個哺乳動物細胞中高階染色質結構的超解析度成像
研究關注由組蛋白乙醯化和甲基化標記定義的全基因組高階染色質結構的全面原位特徵,以及它們的空間鄰近性,透過STORM共同形成單個哺乳動物細胞核的染色質環境
Nature子刊:李松團隊揭示擠壓刺激細胞核變形,能促進細胞重程式設計
該研究報道了懸浮細胞在透過一個狹窄的微流控通道時細胞核會經歷一次快速的擠壓,這一可逆的細胞核形變過程可以顯著降低組蛋白H3K9和DNA的甲基化水平,繼而提高染色質可及性,最終促進成纖維細胞向神經元細胞的重程式設計效率
抓住生命活動的關鍵!西交大團隊新方法看清奈米空間染色質組成
該方法以“一對多”染色質奈米環境為分析物件,提出DNA鄰近迴圈識別機理,發展DNA步移索引擴增檢測方法,可檢出目標PTM位點約10nm半徑空間內各種DNA修飾的位點數目與亞細胞分佈,即“一對多”染色質奈米環境
透過比傳統高 10 倍解析度的特殊顯微鏡,帶你見識DNA從未被發現的奧秘
在這種濃縮的狀態下, DNA ,也叫染色質,包含著許多環,這些環把原本通常相互間隔得很遠的不同區域的基因組聚集在一起,最終形成的距離對DNA向RNA的轉錄有著重要的意義及作用 ,然後RNA又轉化形成蛋白質,這所有的環節讓染色質迴圈成為了一個
設計和構建基因組的三維架構
在2020年Blobel團隊張帝的【9,10】的文章裡(詳見BioArt報道:Nat Genet | 由結構域邊界插入來調節基因組的空間摺疊)【11】,Nature Genetics值得一提的是,插入片段中的轉錄起始位點,而非CTCF結合位
「Plant Cell」北京大學何躍輝組揭示植物胚胎親本“春化記憶”重置與基因表達重程式設計的分子機制
FLC染色質沉默狀態或“春化記憶”透過卵細胞遺傳給幼胚,在胚胎髮育後期被重置(擦除),使每一代植物都要在開花前重新經歷春化過程 (Luo et al
合作文章|解析三代結構變異與三維基因組在胰腺癌中的動態景觀
研究摘要研究者對胰腺癌中透過三代技術鑑定到的染色質結構變異圖譜進行了系統描述,重點研究了胰腺癌中的複雜染色質結構變異與高階染色質構象變化之間的動態聯絡,發現了涉及兩個胰腺癌關鍵驅動基因CDKN2A和SMAD4的大規模基因組結構重排,並從一維
極端水分條件下水稻根系發育可塑性的基因調控網路被揭示
近日,美國University of California的Julia Bailey-Serres團隊在Developmental Cell 線上發表了題為Gene regulatory networks shape development
清華陳柱成團隊解析PBAF複合物結合核小體結構,為研究與人類疾病相關突變的致病機理提供了理論框架
業內專家認為,這項工作不僅闡明瞭PBAF複合物組裝、核小體識別和染色質重塑機制,而且為理解BAF/PBAF相關突變的致病機理提供了理論基礎
繪製染色質景觀圖揭示了胎盤幹細胞身份的決定因素
因此,Ogura 及其同事著手研究 TSC 染色質的特徵是否可能有助於這些細胞的獨特身份以及它們與體細胞核移植的不相容性
細胞核中的“DNA+組蛋白”不應該是“一碗麵”的樣子?
研究人員原本期待會看到滿滿一碗麵的構象,但結果卻令他們出乎意料:這些“麵條”(長的染色質分子)並沒有填滿整個細胞核,而是被組織成一個相對較薄的層,附著在細胞核內壁上
最新研究發現光週期介導的染色質開放程度變化具有組織細胞特異性
近日,首都師範大學劉良玉課題組和中國農科院作科所路則府研究員合作在The Plant Cell線上發表了題為Photoperiod-responsive changes in chromatin accessibility in phloe
擬核和細胞核的區別
存在於原核生物,是沒有由核膜包被的細胞核,也沒有染色體,只有一個位於形狀不規則且邊界不明顯區域的環形DNA分子,內含遺傳物質
連發兩篇Trends封面文章:中國農大綜述新型蛋白質組方法應用於解析染色質蛋白互作網路
該論文概述了研究染色質蛋白和染色質相關RNA互作蛋白的最新質譜方法,並對這些方法在植物生物學中的應用進行了深入討論,提出了有效的分析策略
新發現填補人類基因組圖譜空白 有助更好理解遺傳學與疾病的關聯
美國加州大學聖地亞哥分校(UCSD)的研究人員製作了一份人類基因組的單細胞染色質圖譜,確定了240種多基因特徵和與疾病特徵相關的細胞型別,並註釋了非編碼DNA變異的風險,有利於更好地理解遺傳學與疾病之間的聯絡
Cell:挑戰常規!染色質不是固體也不是液體,而更像一種凝膠
”Hendzel說,他相信染色質的這種凝膠狀狀態的發現將為未來尋求瞭解染色質的物質特性如何塑造細胞核的功能,以確保對細胞及其組成的生物體的健康的研究提供指導原則
復旦表觀團隊揭示METTL3調控小鼠胚胎幹細胞異染色質形成機制
mRNA上的m6A修飾主要透過YTHDF1/2/3蛋白促進RNA降解,研究者為了探究降解途徑是否也參與IAPEz RNA的轉錄後修飾,研究者透過RNA半衰期實驗發現IAPEz RNA的半衰期在Mettl3 敲除以後並沒有顯著變化,而對照mR
《自然》子刊:新設計首次生成單個細胞染色體三維圖
透過這項工作,研究人員發現了染色質摺疊在DNA鏈上彼此相距很遠的基因之間產生的緊密空間關係的新資訊