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生物資訊就該這麼學(3):聽說你不想學習測序原理?

2022-01-01由 基因學苑 發表于 林業

系統發育樹怎麼分析

很多零基礎的想學習生物資訊不知從何入手,我推薦從Linux和測序原理入手。別人聽了就不開心了,我只想做個基因功能註釋,找個差異表達基因,或者畫個系統發育樹,你讓我學習測序原理,Are You Joking Me! 沒錯,學習生物資訊不是你去菜市場賣豬肉,你想要哪塊兒就買哪塊,測序原理是整個資料分析的起點,也是最重要的部分,必須非常熟悉測序原理以及每一個平臺數據的特點。因為每個軟體開發都是針對特定平臺的資料,選項引數都是針對資料特點來的,不懂測序原理,後面資料分析寸步難行。想要改善一個麵包的質量,要從麵粉,麥子,甚至土壤環境等改善起,而不能僅僅責怪廚師。

測序發展史,150年的風雨歷程

測序技術的發展帶來了組學技術的應用和普及,而微生物組領域也是最大的受益者之一,今天為大家帶來生信寶典創作的《測序發展史,150年的風雨歷程 (第二版)》,帶大家回顧一下本領域的前世今生。

從零開始完整學習全基因組測序資料分析:第1節 測序技術

它從1977年的第一代Sanger技術發展至今,已經足有40年時間。在這個技術發展的更迭歷程中,測序讀長從長到短,再從短到長。雖然就當前形勢看第二代短讀長測序技術在全球範圍內上佔有著絕對的壟斷位置,但第三測序技術也已在這幾年快速地發展著。測序技術的每一次變革和突破,都對基因組學研究,疾病醫療研究,藥物研發,育種等領域產生巨大的推動作用。所以在這個系列的第一篇裡我將對當前最主流的測序技術以及它們的測序原理做一個全面的介紹。

三個影片看懂測序原理

本文集合三種測序技術原理影片介紹,讓您一文看懂全部測序原理。文中包括常見的illumina,pacbio以及nanopore測序原理,透過動畫演示,可以更好的理解測序原理。

nanopore測序技術專題(四):奈米孔測序原理

對DNA測序本質上就是識別ATCG四種鹼基,但是一方面四種鹼基實在太小了,屬於奈米級別,另一方面嘌呤和嘌呤,嘧啶和嘧啶之間化學結構非常相似,不容易區分。從53年提出DNA雙螺旋結構之後,生物學家一直努力透過各種辦法識別四種鹼基。目前主流的方法包括將四種鹼基轉換為光訊號,溶液PH值,以及轉換為電訊號,透過放大後的訊號來區分四種鹼基。這也是目前主流測序儀的幾種方案。sanger,illumina,BGIseq,Pacbio等選擇光訊號,Ion torrent選擇溶液PH值,而nanopore選擇電訊號。測序不僅需要高階技術的支援,更是一項藝術性的創造。

拿走不謝,38款測序儀效能指標統計

經常有人問我不同測序儀有哪些差別,我並不是做科技評測的,沒法做開箱評測,主要是我也買不起,那麼這裡有一份材料可供查詢。到底哪一款測速儀好呢,其實很難一句話說明,小孩子才直接說好壞,大人只能是適合自己的才是最好的。這裡列出38款市面上常用的測序儀各種指標,包括價格可供參考。另外,你能不能利用資料發文章並不在於測序儀,關鍵是看你處理水平的問題。

造一臺測序儀到底有多難?

造一臺測序儀到底有多難,具體我也說不上來,但肯定很難很難,和造原子彈相比呢?和造航母比呢?和登上太空相比呢?這樣一比就容易了,首先,從時間上來說,原子彈和航母在二戰期間就造出來了,61年加加林就登上太空了;再從空間上來講,能夠造原子彈的國家有很多。本文我們將系統的來討論一下這個問題:為什麼造一臺測序儀很難?

評論 | 測序江湖從春秋五霸到三國演義

目前全球可以製造測序儀的一共有三個國家,英國、美國和中國。而而測序儀又分為一二三代,大概在售的只有ABI 3737,illumina,pacbio,MGI,Ion Torrent,nanopore幾家公司的產品。測序江湖,誰主沉浮,我們該押寶那個平臺,本文系統的來闡述一下。

為什麼要做單細胞測序

10X genomics單細胞測序,是這兩年以來在生物科研領域最火的一個技術之一。當然,單細胞測序也涉及不同組學,有單細胞基因組測序,單細胞DNA甲基化測序,單細胞ATAC-seq測序。但現在最火的還是單細胞轉錄組測序。在生物科研圈,有時候還真的有點像股市,每隔一段時間就有一個概念被炒得火熱,例如 miRNA、lncRNA、環狀RNA。但單細胞測序興起,不僅是新概念炒作,而是的確在相關領域,長時間由於技術的瓶頸很多生物學問題沒有解決,現在突然有一個技術可以高性價比地解決這些問題,導致這個技術被大量應用。

那麼,長期以來組學測序都有哪些與單細胞測序相關的問題沒有解決呢?以我有限的在科研服務領域工作的經驗,談談我的看法。

總結|你所不知道的各種seq技術

隨著高通量測序技術的普及,各種seq技術層出不窮。其實各種seq技術核心都是一樣的,只不過測序的樣品不同。這裡我們轉載“生信開發者”微訊號總結的各種seq概念,以供讀者自行查閱和學習。