如何做蛋白質互作網路圖

原創 如期生物

使用

String

資料庫，可以做

做蛋白質互作網路圖。

String

資料庫

（

https：//string-db。org/

）

是目前資料量最豐富、應用最廣泛的研究蛋白質相互作用的資料庫之一。目前，

資料庫已更新到

Version 11。5

版本。收錄了超過

14000

個物種、

6

千多萬種蛋白、

200

多億個相互作用的資訊。這些蛋白質相互作用既包括直接的物理作用，也包括間接的功能相關性。

String資料庫

使用方法

1、查詢特定蛋白的互作資訊

A、開啟

STRING

資料庫

（https://string-db.org）

B、點選

“

Search

”

。選擇

“

Protein by name

”

，

輸入目標蛋白或者基因名稱

C、在

“

Organism

”

中選擇指定物種

D、點選

“

SEARCH

”

進入分析。

以

AGO2

蛋白為例，下圖展示了

AGO2

的主要的相關蛋白。

2、多個蛋白進行互作分析

A、選擇“Multiple proteins”，輸入蛋白名稱（或上傳檔案）。

B、選擇對應物種

C、點

、

檢索結果

search進行分析

上圖中的圓圈代表蛋白，有些圓圈內部有螺旋狀的三維結構，代表該蛋白的結構已知，如果是未知結構的蛋白，圓圈內部為空。節點之間的連線表示蛋白之間的相互作用，不同顏色對應不同的相互作用型別，既包括實驗驗證的，也包括資料預測的，具體作用型別可以點選Legend檢視。

可以在Settings中進行自主設定，例如可選需要展示的相互作用型別（實驗驗證、文字挖掘等），或者根據互作得分過濾掉可信度低的互作關係。

最後可以對互作網路結果進行匯出，點選“Exports”，選擇需要下載的資料即可。