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進行系統發育分析,用cipres線上搞定

2022-09-06由 科研日精進 發表于 林業

系統發育樹做好了怎麼看

cipres是一個線上的網站,提供以下軟體的線上使用:

RAxML; MrBayes; BEAST; B E A S T 2; GARLI; MAFFT; DPPDIV; FastTree, jModelTest2,Migrate-N。,PAUP*; Poy,C l u s t a l W; Contralign; MUSCLE; P R O B C O N S; PROBALIGN

可以進行系統發育分析。

可以進行系統發育分析

下面僅以mrbayes為例解說,其他軟體都一樣,使用非常簡單:

操作步驟

開啟網頁

https://www.phylo.org/

#FormatImgID_1#

註冊並登陸,進入了這個介面

#FormatImgID_2#新建資料夾

#FormatImgID_3#

輸入資料夾名與描述

#FormatImgID_4#

建立成功,可見資料夾下有資料與任務兩欄。另外還可建立別的資料夾,下層資料夾,編輯與刪除資料夾。

#FormatImgID_5#進入資料資料夾,上傳資料

#FormatImgID_6#

選擇檔案並上傳

#FormatImgID_7#上傳好了,可以複製、移動或刪除

#FormatImgID_8#

點選檔案可以檢視內容

#FormatImgID_9#

點選工作列,新建任務

#FormatImgID_10#

進行描述

#FormatImgID_11#

選擇資料

#FormatImgID_12#選擇工具

#FormatImgID_13#設定引數

#FormatImgID_14#儲存任務並開始跑

#FormatImgID_15#

等待資料跑完,期間可以退出,等跑完再登陸網站檢視

#FormatImgID_16#

跑完了

#FormatImgID_17#檢視結果

#FormatImgID_18#

將結果下載下來

#FormatImgID_19#

下載好了

#FormatImgID_20#

拖進treeview檢視

#FormatImgID_21#

好了,以上就是

使用cipres進行系統發育分析的操作,

希望對你有所幫助。如果對

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