在實際中，這意味著細菌懸液必須充分洗滌以除去鹽

與介導DNA進入真核細胞相比，因為大腸桿菌細胞小，它們進行電穿孔需要非常高的場強（12。5~ 18 kV/cm） （Dower et al。 1988； Smith et al。1990）。

將小體積的稠密菌液（約2X 10‘/mL）加入到特別設計的、電極緊密排列（0。1cm） 的電擊池中，可以實現最佳轉化效率。為了防止電弧放電，溶液的導電性要低。在實際中，這意味著細菌懸液必須充分洗滌以除去鹽。

要實現最大轉化效率（例如，構建cDNA文庫），用於電穿孔的DNA應該透過微型柱純化（Schlaak et al。 2005 ）或者利用Microcon/Centricon cartridges （Millipore公司）

超濾脫鹽。然而，對於常規克隆或亞克隆，少量的連線混合物可以用水稀釋2~5倍後，簡單地加入到電穿孔的細胞中。

多種因素會影響轉化效率：大腸桿菌菌株的基因型（ Elvin and Bingham 1991； Millr and Nickoloff 1995），收穫時培養物的生長狀態，收穫和準備細菌細胞過程中的溫度，DNA的拓撲結構（ 線性或閉合環狀），電脈衝的時限、強度和波形等。

大多數用於轉化的大腸桿菌菌株缺失了用於同源重組的基因recA。RecA蛋白有助於啟動單鏈DNA對雙鏈DNA的入侵，並導致進一步解旋，進而分支遷移。recAT 的大腸桿菌菌株對轉化有高度的感受態活性（Kurmnit 1989），攜帶重複DNA序列的質粒在這些菌株中穩定。