黑麴黴的代謝網路重建 ｜ BMC Journals

黑麴黴怎麼製備菌懸液

很多生物的實驗資料都分散在數百篇出版物和多個數據儲存庫中。要想對生物代謝有系統的認識，就必須將資料整合到統一的知識網路中。黑麴黴（Aspergillus niger）是酶和酸生產工業中使用的重要真菌。為了對黑麴黴進行合理的代謝改造，可以收集現有的資料並在基因組水平模型中加以整合，進而設計出能夠改善黑麴黴宿主效能的有效方案。

近期發表於Fungal Biology and Biotechnology的一篇文章“A community-driven reconstruction of the Aspergillus niger metabolic network”描述了來自丹麥技術大學的Mikael R。 Andersen及其研究團隊根據876篇文獻中的資訊更新了現有的黑麴黴代謝模型，將模型覆蓋範圍擴充套件到了940種反應、777種代謝物和454個基因。他們把來自論文和專利的實驗資料以及自己的實驗整合成一致的網路，最終確定了黑麴黴iJB1325基因組的水平模型。資訊的納入採用了標準化方式，以便將來能進行自動化測試和持續改進。這一實驗資料庫共有471個測試案例，而iJB1325模型符合其中的373個。研究者們還重新分析了現有的轉錄組學和生理學定量資料以進一步探索黑麴黴的代謝。此外，該模型包含了對模型結構的3，482次檢查，是迄今為止最有力的黑麴黴經基因組水平模型。研究者們進一步利用現有資料構建了ATCC 1015和CBS 513。88的菌株特異性模型，使用者可根據實驗資料對最新模型進行驗證。更新後的模型符合SBML標準，因此使用者可透過自己的慣用軟體輕鬆模擬該模型。

圖：表格描述了不同模型的主要資料

本文介紹的黑麴黴iJB1325模型將可用資料整合到高度規整的基因組水平模型中，一方面便於模擬物質/能量流動分佈，另一方面也為基因組水平資料的解讀提供了代謝學背景。

Fungal Biology and Biotechnology

doi： 10。1186/s40694-018-0060-7