「論文可重複性專欄」｜具核梭桿菌感染與人類結直腸癌

撰文 | 十一月

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Reproducibility Project： Cancer Biology專案中，科學家們試圖重複2012年發表在

Genome Research

上的工作

Fusobacterium nucleatum infection is prevalent in human colorectal carcinoma

，該工作透過發現透過RNA-seq等方式將大腸癌腫瘤樣本與對照標本相比，發現具核梭桿菌感染相關基因顯著過表達

【1】

。該病原體是一種侵襲性厭氧菌，與牙周炎、闌尾炎有關，但當時併為發現與腫瘤負擔相關。

透過受試者的定量PCR分析，作者們確認了具核梭桿菌與人類大腸癌以及淋巴結轉移呈現正相關

【1】

。

按照可重複性專案中的步驟要求主要包括六個階段：設計實驗、同行評審、準備實驗、進行實驗、資料分析以及對可重複性報告進行再次的同行評審和發表，作者們首先對進行了了設計實驗以及可行性的同行評審並發表了註冊報告，題為

Registered report: Fusobacterium nucleatum infection is prevalent in human colorectal carcinoma

【2】

。該註冊報告中的對於計劃複製的實驗進行了描述，作者們計劃重複結直腸癌樣本定量PCR的這一關鍵結果。從相匹配的正常和腫瘤人類結腸癌標本中擴增具核梭桿菌DNA的定量PCR方法，從匹配的正常和腫瘤人類結腸癌標本中分離的具核梭桿菌DNA的相對丰度，這是實驗對應原文章中的Fig。2

（圖1）

。

圖1 原論文中的Fig2，對比正常的組織與結直腸癌樣本中具核梭桿菌DNA的相對丰度

2018年，作者們完成了該重複計劃，並將重複結果如實報告在可重複性紀實中

Replication Study: Fusobacterium nucleatum infection is prevalent in human colorectal carcinoma

，

作者們發現在結直腸癌組織、相鄰正常組織以及單獨匹配的對照組織中，使用qPCR檢測具核梭桿菌DNA時，大多數的樣本中並沒有檢測到具核梭桿菌訊號。

qPCR結果顯示，只有25%的結直腸癌組織、15%的相鄰樣本組織中具核梭桿菌DNA陽性訊號，單獨匹配對照組織中未檢測出陽性訊號，但是結直腸癌組織與相鄰組織之間的具核梭桿菌DNA陽性並無統計學顯著性差異，這與原始文章中的結論並不相符

（圖2）

。

圖2 可重複性紀實中的實驗複製結果

因此，該實驗重複性報告透過對結果的薈萃分析，表明具核梭桿菌在結直腸癌組織中升高，但是大多數的樣本中並不能檢測到具核梭桿菌DNA，且與相鄰正常組織之間的差異小於原始研究。該實驗複製結果將有助於進一步評估多種微生物與癌症負擔的實質性因果關係。

原文連結：

https://doi.org/10.7554/eLife.25801.001

參考文獻

1 Castellarin， M。 et al。 Fusobacterium nucleatum infection is prevalent in human colorectal carcinoma。

Genome research

22， 299-306， doi：10。1101/gr。126516。111 （2012）。

2 Repass， J。， Maherali， N。 & Owen， K。 Registered report： Fusobacterium nucleatum infection is prevalent in human colorectal carcinoma。

eLife

5， doi：10。7554/eLife。10012 （2016）。

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